De NJN werkt samen met verschillende andere natuurorganisaties in Nederland en daarbuiten. Ten eerste is er vrij veel contact met de Jeugdbond voor Natuur- en Milieustudie, de tweede jeugdbond in Nederland die actief is in de natuur. De NJN heeft ongeveer twee keer zo veel leden als de JNM, maar verder zijn er maar een paar (moeilijk te benoemen) verschillen tussen de jeugdbonden. De NJN en de JNM organiseren soms samen activiteiten en wisselen hun activiteiten onderling uit.
In België is er een andere aan de NJN verwante organisatie: de JNM-België. Hier wordt jaarlijks een kamp mee geregeld en de jeugdbonden wisselen kennis uit over de bestuurstructuur en de natuur.

De NJN zit samen met vier andere natuurorganisaties voor jongeren in Keigroen, een samenwerkingsverband en platform voor jongeren die iets met de natuur willen. Verder zit de NJN in WILDzoekers, een natuurclub voor kinderen vanaf 8 jaar. Hier helpt de NJN met het organiseren van activiteiten en met de inhoud van het tijdschrift de Wild Expres.

De NJN werkt al vanaf de oprichting samen met Natuurmonumenten. Ook helpt de NJN vaak terreinbeheerders, zoals Staatsbosbeheer en de provinciale Landschappen, met natuurbeheer. De NJN is bijvoorbeeld de initiatiefnemer van de landelijke natuurwerkdag. Daarnaast geven de leden veel waarnemingen door aan de PGO´s - Particuliere Gegevensbeherende Organisaties.